实验室实行北京交通大学领导下、学术委员会指导下的主任负责制，采用“开放、流动、联合、竞争”的运行机制；按照学校独立二级机构进行实体化管理，以相关学科为支撑，相关学院共同建设。
实验室主任
余祖俊 教授
二级教授，博士生导师，现任北京交通大学校长，同时担任“先进轨道交通自主运行全国重点实验室”主任、“智慧高铁系统前沿科学中心”首席科学家兼主任、交通运输工程学科国务院学科评议组成员。
长期从事轨道交通智能感知与运行控制领域的科研与教学，先后主持国家自然科学基金重点项目、国家“863”课题、国家重点研发计划项目、国铁集团高速铁路及国家能源集团重载铁路重大项目等，获国家级教学成果一等奖1项、教育部科学技术奖一等奖1项、中国铁道学会科技奖一等奖2项、北京市科技进步二等奖1项，教育部新世纪优秀人才、茅以升铁道科技奖、詹天佑铁道科学技术奖（成就奖）等。
实验室副主任
秦 勇 教授
国家万人计划科技创新领军人才，全国优秀科技工作者，科技部中青年科技创新领军人才，教育部新世纪优秀人才，俄罗斯工程院外籍院士，国家十三五重点研发计划“综合交通运输与智能交通”重点专项总体专家组专家。
主要研究领域为轨道交通运营安全保障与应急指挥、列车智能故障诊断、智能轨道交通系统等。
实验室副主任
步 兵 教授
我国首套基于通信的列控系统 (CBTC)和全自动运行系统 (FAO)的核心研发成员，主持研制了我国首套CBTC的车地数据传输系统，获北京市科学技术一等奖2次，获国家发明专利10余项，发表SCI/EI论文50余篇，主持和参与国家863、北京市科委重大、自然基金重点等科研项目30余项。
主要研究领域为列控信息安全、车地无线传输、列控与通信一体化设计、基于云计算的列控系统设计。
实验室副主任
熊 磊 教授
教育部课程思政教学名师，中国铁路下一代移动通信技术专家组专家。发表SCI/EI论文60余篇，主持和参与国家自然科学基金、国家科技重大专项、国铁集团（铁道部）重大/重点项目等科研项目50余项。
主要研究领域为轨道交通专用移动通信、电波传播与无线信道建模与仿真、网络性能评估与优化等。
